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國立澎湖科技大學資訊管理系，歷次評鑑成績極優，學生參與全國性競賽屢獲佳績，畢業後就業狀況良好。本系目前課程區分為行動裝置與多媒體網路學程、程式設計學程、與企業電子化學程，學生可依照自己興趣決定修課方向。

1991年成立高雄海專澎湖分部，設水產養殖科，航運管理科。1995獨立設校。